Glavni cilj slovenske ekošole je vzgoja otroka in mladostnika, da bi mu skrb za okolje in naravo postala del življenja.

Ostali cilji so:

• vzgoja za okoljsko odgovornost,
• razvijanje pozitivnih medsebojnih odnosov in pomoč pri odpravi revščine,
  
• vzgoja za zdrav način življenja v zdravem okolju (uvajanje ekološko predelane hrane, pitniki, gibanje),
• spodbujanje kreativnosti, inovativnosti in izmenjava idej,
• učinkovita raba naravnih virov (voda, odpadki, energija)
  
• povezovanje okoljskih vprašanj z ekonomskimi in socialnimi,
• povezovanje med ekošolami doma, v okviru EU in širše.

• podnebne spremembe,
• učinkovita raba energije in varčevanja z energijo,
  
• ohranjanje biotske pestrosti,
• varčevanje in skrb za čisto vodo,
• ravnanje z odpadki, ločeno zbiranje odpadkov,
  
• zdrava prehrana,
  
• trajnostna mobilnost-promet in okolje,
  
• revščina pri nas in v svetu.

Temo si torej izberejo glede na to, kaj je na šoli, v kraju in okolju najbolj pomembno. Na šoli morajo imeti občutek, da se res nekaj premika, dogaja in da k temu prispevajo tudi sami. Po dveh letih aktivnega dela prejmejo mednarodno priznanje zeleno zastavo, ki jo morajo z doseganjem nacionalnih in mednarodnih kriterijv v okviru zgoraj naštetih tem potrditi vsako leto posebej.